Mit dem wachsenden Shisha-Konsum wachsen auch die Berichte von Krankenhäuser über Rauchvergiftungen durch Wasserpfeifenrauch. Von den 130 Patienten im Düsseldorfer Universitätsklinikum mit einer Rauchvergiftung, lag die Ursache im vorhergehenden Shisha Konsum.
Der Shisha Rauch enthält etwa 80 schädliche Substanzen, darunter 27, die entweder erwiesenermaßen oder zumindest im Verdacht stehen, Krebs zu verursachen. Davon ist besonders das Kohlenstoffmonooxid gefährlich. Das Gas ist ebenso geruchs- wie farblos, dass sich an die roten Blutkörperchen anschließt und damit den Sauerstofftransport im Blut behindert. Hierdurch können Organe, wie das Gehirn, nicht mehr ausreichend mit Sauerstoff versorgt werden, was zu Schwindel, Sehstörungen, Übelkeit und Bewusstlosigkeit führen kann. Eine Kohlenstoffmonooxidvergiftung in Kombination mit einer Alkoholisierung zu erkennen ist naturgemäß zunächst schwierig.
Es fehlt allerdings an Aufklärung darüber, dass in Shisha Rauch dieses Kohlenstoffmonooxid öfter vorkommt als in Zigarettenrauch. Dadurch das der Tabak in der Shisha nicht verbrannt, sondern verschwefelt wird, entsteht mehr von dem Gas. Außerdem kann die Gasbildung bei zu langem oder pausenlosen ziehen verstärkt werden.
Beim Rauchen in Gruppen sollte daher darauf geachtet werden, dass nicht pausenlos an der Shisha gezogen werden. Auch kleine Mundstücke aus Plastik sollten benutzt werden, damit nicht die ganze Gruppe mit einem Mundstück in Kontakt kommt. Hier können sich über den Speichel Erkrankungen wie Herpes, Hepatitis oder Tuberkulose verbreiten.